儘管Linux基金會一直宣稱Linux桌面用戶在不斷攀升，但這絲毫不能打消人們對開源的疑慮，導入開源代碼對企業是否真的有利，一直還處在莫衷一是的討論階段。筆者認為缺乏明顯的商業模式是開源面臨的首要問題，它間接造成了開源軟體的版本不一致、硬體兼容性、穩定性和技術支持等系列問題。
由於利益關係，商業軟體都有明確的職責和對象，而硬體廠商也願意提供支持。比如微軟的Windows系統，不僅在驅動程序上擁有統一標準，幾乎所有硬體都能提供經過微軟認證的對應驅動程序。但轉向Linux時，企業就必須面對無法驅動的風險。雖然Linux擁有廣大的開發者社群，一般來說新硬體很快便有愛好者提供對應的解決方案，但畢竟對企業而言掌握度偏低。
此外，就企業應用來說，軟體系統維運效益，在採購評估中占重要比例，Linux過去在軟、硬體方面的支持都不足，企業當然不會貿然將其推上桌面，造成使用者和維護人員的困擾。
解決前述問題后，使用習慣也是Linux走入商用桌面的挑戰，多數使用者已習慣或熟悉Windows操作系統。
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